i link se vuoi che lo spider li segua devono essere come designati dal RewriteEngine cioè non index.php?11, ma index/11.html.

Poi non so come mai non utilizzi la variabile in get, ma il nome stesso della variabile è la variabile, secondo me ti porta via del buon tempo a recuperarla.

poi per amor delle cose fatte bene dovresti impedire l'accesso al file controller (a meno che non si index.php) da .htaccess e mettere la regoletta [L] , last, nella regola di riscrittura.

Se quello che ti ho detto non ti bastasse, forse dovresti scrivere l'.htaccess, il link, e la pagina index.php, ma cerca di capire quello che ti ho detto.