Questa domanda "upload cartella intera" viene chiesta almeno 3 o 4 volte a settimana. NON SI PUO' in PHP e basta. Nada, nisba, niente. PHP gira sul server remoto e del tuo client se ne frega, non sa nemmeno che esista e non gliene cale di che cosa c'hai dove.
Vuoi caricare una cartella intera? Cerca sul forum e scoprirai che devi appoggiarti ad un qualche componente esterno che faccia da tramite, per esempio ad un applet firmata o un controllo activex.