(nel caso in cui io sia solo il programmatore e quindi mi appoggio ad una ditta esterna per l'hosting)

come si criptano i file in php?

il cliente può essere proprietario anche solo del nome di dominio, ma non dello spazio web o comunque può non avere accesso ftp al server.
tu registri a nome del cliente il nome a dominio, e non lo spazio web?

L'azienda X potrebbe non avere l'accesso al server FTP...?
Questa è una cosa da specificare nel contratto, giusto?