ho settato emule con i seguenti valori e sembra "leggermente" più stabile e veloce:

file condivisi 80-100
nessun limite in down e upload (entrambi non spuntati)
wizard...personalizza...Kbit/s....4096down....256up
tcp 5000
udp 5000
opzioni avanzate...upload dinamico....trova il miglior limite di upload...(spuntato)

potrebbe anche essere un caso, ma provare non costa nulla...