Ciao,
una domanda... i vostri siti vengono poi pubblicati in hosting? mi sembra di capire di sì dal discorso che hai fatto.
In questo caso non vedo dove possa essere il problema. Voi continuate a sviluppare sotto Windows e il sito lo pubblicate su Linux tramite FTP... tanto la gestione della macchina è completamente a carico del provider!

...o forse sono io che non ho afferrato il problema