Non c'è "conflitto con il php"
E' una regola che DEVE funzionare così per i meccanismi del WEB e non di PHP.
Non si può inviare un header (cookie, session_start, header di qualsiasi tipo) dopo che sono sono stati già inviati dati html al browser
Se usi session_start() devi mettere l'istruzione come PRIMA COSA, prima delle include e di qualsiasi altro invio di output