sostituisci questa riga
Codice PHP:
if($key != "aggiorna") $stringa = '$config["'.$key.'"]="'.$value.'";
';
} 
Con quest'altra
Codice PHP:
if($key != "aggiorna") $stringa .= " '$key' => '$value',
";
} 
Inoltre non capisco questa tua frase
riporto il codice con la scrittura mancava qualche cosa e impediva la scrittura:
Che intendi??? Forse non hai i permessi di scrittura nella cartella?