Guarda che nessuno ha detto che "non funziona"
La variabile non viene passata e quindi isset funziona benissimo... l'errore è da un'altra parte

prova infatti questo codice
Codice PHP:
<?php
if(isset($_GET["mycheck"]))
  echo 
"SI!!!";
else
  echo 
"NO!!!";
?>


<form method="get">
 <input type="checkbox" name="mycheck" onclick="mycheckclicked()">
 <input type="submit" value="invia" name="invia">
</form>
E vedrai che va benissimo