Allora questo "qualcosa" dovrebbe essere un programma che legge tutto il file di testo ed esegue tante query nel db per confrontare i dati che ci sono con quelli che ha letto. In questo modo puoi avere un'idea di quali sono i nuovi e quali sono quelli gia' esistenti e non aggiornati.

Non so con quale linguaggio puoi scrivere un programmino del genere, ma penso che VB6 puo' andare bene ...