Si infatti per quello che ne so io gli antivirus per linux servono principalmente nei firewall e nei punti di accesso ad internet delle reti locali per controllare il traffico passante e mantenere pulita da virus la rete interna senza gravare sui singoli host.
Gli AV agiscono a livello di applicazione e non di rete.
Nell'esempio da te proposto, a meno che il "punto di accesso" funga anche da repository, l'AV non ha modo di intervenire.