Ho risolto mantenendo il riferimento al target nel mousedown e usando lo stesso al mousemove, invece che ricalcolare il target.

E' bastato modificare l'ultima parte:
codice:
document.addToEvent("mousedown", function(e) {
	//-----------Conserva il target per non perderlo al mouseup-------
	var draggable=targetObj(e);
	//-----------Rende draggable immobile al suo mouseup-----------			
	draggable.addToEvent("mouseup", function() { this.dragFlag=0; });	
			draggableDown(e, draggable);

			document.addToEvent("mousemove", function(e) {
					draggableMove(e, draggable)
					});
		});

Lo script, dopo che verrà opportunamente riveduto, sostituirà il vecchio nella libreria ExtendDOM