Attenzione
Innanzitutto se apri un file con fopen($file,"w") il contenuto viene immediatamente cancellato, poichè stai aprendo il file in SCRITTURA
Quindi PRIMA, apri il file in lettura con
$fp = fopen($file,"r")

lo leggi con
$contenuto = fread($fp, filesize($file));

poi lo chiudi
fclose($fp);

Effettui la tua analisi su $contenuto, eventualmente aggiungendovi altre righe con

Dopo di che lo apri in scrittura, scrivi e chiudi
$fp = fopen($file,"w");
fwrite($fp,$contenuto);
fclose($fp);


Comunque:
il file DEVE avere una struttura e DEVI saperla in anticipo, altrimenti non sai dove reperire l'informazione

P.S.
Se la struttura che hai sei certo essere quella puoi leggere il contenuto con
$arraycontenuto=file($file);
che ti da il contenuto già separato per righe (una riga per ogni elemento dell'array