l'intestazione dovresti farla con l'altezza variabile e con larghezza UGUALE a quella del div intestazione. Se vuoi invece posizionare un logo più piccolo di quel div devi creare un'altro div all'interno dell'intestazione, dargli un posizionamento RELATIVO al div di intestazione (o al corpo, tanto sono larghi uguali), e un padding che te lo possa centrare dove vuoi.

Per quanto riguarda il menù, il posizionamento lo puoi fare, ma se viene sballato, forse devi rivedere il menù. Mi spiego: se hai un div largo 200 e tu ci vuoi mettere un menù a 300 è chiaro che farà casino. Devi quindi modificare il div di sinistra e di destra con le nuove misure.

Per la "rigidità della struttura" devi capire che solo se la struttura è "rigida" come la chiami tu sarà stabile con i tuoi contenuti. Se vuoi flessibilità devi usare i div annidati. La struttura che ti ho dato io serve per creare dei blocchi che creino delle zone immaginarie dove collocare non solo contenuti ma anche altri div, che ti permettono di avere la flessibilità che vuoi.