Anche il resto del codice che hai inviato ora funziona senza problemi dal punto di vista della posizione del link...

Ho preso l'intero codice che mi risulta aprendo il primo link che hai proposto, ed ho fatto copia incolla, il risultato è una pagina priva di css (quindi la formattazione è davvero inesistente) ma in questo modo non avviene il tuo problema.

A questo punto devo supporre che ci sia qualcosa nel css (non necessariamente riferito a link e compagnia bella) che in qualche modo riesce a darti questo problema, dagli un occhiata + approfondita, se non sei sicuro di una o più parti del css prova ad escluderle una ad una (alternativamente) e vedi se trovi quella incriminata.