Le domande come le identifichi? con un id?
Allora quando carichi dinamicamente i campi per le risposte, il nome del campo fai in modo che sia
risposta_$iddomanda_

così puoi recuperare l'id della risposta dal $key (con un preg_match o con i substring)
(dovrai cambiare l'istruzione
$risposte[] = $value;
in
$risposte[$key] = $value;

Inserire nel db:
esiste l'istruzione insert estesa
una cosa tipo

INSRET INTO TABELLA
VALUES
(a,b,c);
(d,e,f);
...

E così via, con un solo insert inserisci tutto