Che non sia stata creata la directory in effetti è strano... hai avuto errori/interruzioni durante l'installazione?
Per quanto riguarda la sintassi... la mia configurazione di vim (ho tenuto quella base) dice
codice:
" Switch syntax highlighting on, when the terminal has colors
" Also switch on highlighting the last used search pattern.
quindi la prima cosa che mi viene in mente è che il terminale che usi non supporti i colori...

edit: apri vim e digita :highlight per vedere se i colori ci sono. prova anche a verificare di non aver installato vim con la use flag "minimal" impostata (equery uses vim)