Non va bene perché quella riga è dentro una stringa, ho provato a scriverla così

codice:
+"<input type='button' onclick='"+form.submit()+"' value='Ok' />"
ma il form viene inviato subito senza aspettare l'onclick.
Alla fine ho assemblato con i metodi del W3C invece che con innerHTML e tutto funziona, grazie comunque.

codice:
function showConfirm (addressNo, txt, form)  {
	var newObj = document.createElement ("DIV");
	newObj.setAttribute ("id", "msg");
	var p = document.createElement ("P");
	var b1 = document.createElement ("INPUT");
	b1.setAttribute ("type", "button");
	b1.onclick = function ()  { form.submit (); }
	b1.setAttribute ("value", "Ok");
	p.appendChild (b1);
	p.appendChild (document.createTextNode (" "));
	var b2 = document.createElement ("INPUT");
	b2.setAttribute ("type", "button");
	b2.onclick = function ()  { location.href = addressNo; }
	b2.setAttribute ("value", "Annulla");
	p.appendChild (b2);
	newObj.appendChild (p);
	newObj.appendChild (document.createTextNode (txt));
	document.getElementById ('container').appendChild (newObj);
}