decisamente poco diversa da quella che faresti tu!
Ci sono dei veri esperti qui nel forum. Credo che qualcuno ti potrà proporre una funzione alternativa, migliore!
Comunque:

open (POINT_FILE, "<$pointer_file");
$puntatore = <POINT_FILE>;
close (POINT_FILE);

$start=0; #come il tuo ko, ok
open (APP_FILE, ">$app_file");
open (INP_FILE, "<$input_file");
while (<INP_FILE>)
{
if ($linea eq $puntatore)
{$start=1}
if ($stat==1)
{print APP_FILE $_}
}
close (INP_FILE);
close (APP_FILE);