Io farei 2 query, una che aggiorna il campo in questione con la condizione "<campo> is not null", ed un'altra con che non aggiorna il campo con il la condizione "<campo> is null".
Oppure fai un' UPDATE mettendo i campi Empty uguale ad un valore numerico particolare, e poi nella tabella di destinazione sbianchi i campi con quel valore.

Spero d essermi spiegato

ciao