Se ho capito bene vuoi che il src dell'embed cambi, giusto?

Attribuisci un id all'embed e tramite javascript ne cambi l'attributo src...

codice:
<embed src="canzone.mp3" id="embedMusica">
E nell'head della pagina:
codice:
<script>
  onload = function()
  {
    eM = document.getElementById("embedMusica");
    eM.setAttribute("src", "player.swf?s=" + eM.getAttribute("src"));
  }
</script>