Non puoi passare argomenti/parametri da javascript a php in quanto uno opera lato client (javascript), l'altro lato server (php). Con javascript non puoi scrivere file. Prova con vbscript oppure fai un passo in più tipo:

Con javascript crei un form contenente i valori dell'array, chiami la submit() del form che manda i dati (via post) ad una pagina php che li processa e scrive il file.