Modifica la funzione in

codice:
function MM_openBrWindow(theURL,winName,features) { //v2.0
  var thisWin = window.open(theURL,winName,features);
  thisWin.focus();
}
Per dare il focus alla finestra appena aperta...

Oppure

codice:
var __win = new Array();
function MM_openBrWindow(theURL,winName,features) { //v2.0
  __win.push(window.open(theURL,winName,features));
  for (i = 0; i < __win.length; i++) __win[i].focus();
}
Per dare il focus a tutte le popup ogni volta che ne apri una...

Fammi sapere se funzionano...