difficile da capire il fenomeno

avvia da una live e guarda se effettivamente la partizione è corretta in /etc/fstab
controllando con fdisk -l come vengono visti i dischi

sicuro che non fosse/dev/hda6 quella che è attualmente /dev/sda6 ???

ubuntu ( leggevo nel blog del mantainer del kernel ubuntu ) sta modificando i driver ata con quelli pata e presumo che con le prossime uscite i nostri dischi saranno visti tutti come sda


puoi provare anche a reinstallare grub prendendo la partizione con chroot dalla live
mkdir /mnt/ubuntu
mount /dev/sda6 /mnt/ubuntu
chroot /mnt/ubuntu /bin/bash

grub-install /dev/sda

ultimamente installando i driver nvidia ( specie queli del sito nvidia o peggio quelli beta ha dato anche a me errori sul filesystem

la cosa migliore è usare i driver del kernel di ubuntu dopo avere installato linux-restricted-modules e nvidia-glx