Generalmente ci si sposta da un o script da un altro quando serve farlo, ad esempio quando, a seguito dell'immissione di un form da client, il server processa i dati e poi redireige il flusso della navigazione ad un altro script che si occuperà di visualizzare a video qualcosa.

Se utilizzi il "salto" di script solo per invocare diverse parti di codice, certo che questa non è una bella pratica..