Mettigli i bordi a quel div.... guarda se effettivamente lo vedi interamente o se qualche parte è nascosta.

Inoltre prova a scrollare la pagina.... hai detto che non è solo un bug di explorer ma prova comunque. A volte a me spariscono le cose senza motivo, scollo per coprire la zona incriminata, riscrollo in su per tornarci e magicamente appare

Se gli imposti un colore di sfondo lo visualizza?