Ciò che dici tu è giustissimo, gli id doppi non andrebbero mai e poi mai usati ( io non l'ho mai fatto ).
Io sto solo dicendo che questa cosa che fa IE non è una cosa voluta, è un bug.
Se metti due elementi con id uguali nel codice html è sbagliatissimo, ma i browser in qualche modo riescono a interpretarlo e visualizzano il tutto.
Anche IE c'è la fa, ma non con innerHTML.
E se dovessi includere una pagina che sfortunatamente avesse gli stessi id?
Devo a forza usare un iframe per colpa di IE?