L'impostazione che ho nel Registro sotto Shell/open/command è "PercorsoProgramma.exe" "%1" e non come dici tu
tuoprogramma.exe "%1";
Comunque con il codice che posto sembre funzionare tutto correttamente
codice:
Dim applicazione As New FrmMain 
Sub Main(ByVal args() As String)
        Try
          dim percorso as string
            If args.Length > 0 Then
                percorso = args(0) 
            End If

           Application.Run(applicazione)
        Catch
            MessageBox.Show(Err.Description)
        End Try
Per la funzione Command() non ho trovato nulla che mi abbia illustrato il suo utilizzo pertanto ho desistito...
Ciao e grazie mille per il supporto