Sicuramente la compatibilità dei browser è il primo problema che potresti incontrare. I Browser più moderni non dovrebbero avere problemi a gestire ajax, ma se qualcuno utilizza browser un po' vecchiotti potrebbe avere dei problemi. Pensa che io su un mio sito in cui ho usato ajax ho dovuto scrivere che non è compatibili con verisioni di internet explorer precedenti alla 7.
Un altro problemino che potresti incontrare è quello della gestione di questo sistema: infatti ogni volta che modifichi il tuo database o una pagina php devi necessariamente anche aggiornare e far scaricare il file che contiene il codice ajax.