Mmm... vediamo... Ecco un esempio:

- http://veerle.duoh.com/blog/links/

Secondo me, la prima cosa che ti devi chiedere è in che modo l'utente interagirà con questa lista. Devi dividere i link con criteri intelligenti, magari dando la possibilità all'utente di scegliere come ordinarli. Se sono così tanti, anche un sistema di ricerca veloce non sarebbe male. E poi, come al solito quando si parla di grafica, cerca di tradurre visivamente l'eventuale gerarchia di importanza dei link stessi.