I millisecondi sono uguali per tutti. Quello che cambia è il momento in cui viene iniziato a conteggiare il tempo. La funzione setTimeout() implica l'esecuzione di codice asincrono, quindi il tempo viene conteggiato quando il tutto codice nel resto della pagina ha finito di essere processato.
L'unica eccezione avviene se nel codice è presente un metodo alert() o prompt(), in questo caso setTimeout() parte.