Che dire...
Per dovere di cronaca e per essere utile a chi avesse lo stesso problema in futuro: ho risolto.

Sconsiglio vivamente apt-mirror che non funziona a dovere.
Usate debmirror.
Inoltre, per chi si ritrovasse come me ad aver già scaricato il 99% del mirror con apt-mirror, non c'è problema, lo si può fixxare e/o completare con debmirror senza alcun problema, basta specificare la stessa cartella di destinazione.
Inoltre, nonostante il man suggerisca di non utilizzare i nomi semplici (stable, unstable, testing, ...) tutto è andato alla perfezione.

Il comando utilizzato:

debmirror --progress --nosource --host=ftp.it.debian.org --method=http --root=/debian --dist=unstable --section=main,contrib,non-free --ignore-release-gpg /dove/vuoi/creare/il/mirror/debian/

Ciao a tutti e grazie a Marcolino's per il consiglio!