ciao

Guardando il sito direi che come scelta dei colori ci siamo: i colori scelti stanno bene assieme e mi sembra che rispettino le specifiche richieste dalla committenza.
L'area menu la vedo un po' grandicella e un po' spoglia, forse sarebbe il caso di mettere un menu più sofisticato come uno di quelli proposti nei tuoi esempi(ad es. ).
Il testo nero su fondo blu è poco leggibile, proverei a metterlo di un colore chiaro come bianco o grigio chiaro.
L'intestazione non è male ma è un po' spoglia: graficamente ha molto "peso" sulla sinistra e nulla sulla destra. Se l'area sulla destra dovrà contenere qualcosa (foto, banner, ecc) allora va anche bene così, altrimenti proverei a fare una testata più omogenea sfruttando tutta l'area a disposizione.
L'header potrebbe essere riempito con qualcosa di rappresentativo dell'istituto: una foto della scuola, degli studenti, insomma qualcosa di accademico in modo da dare anche al sito un migliore colpo d'occhio: ora come ora solo leggendo l'intestazione capisco che è il sito di una scuola, aggiungere un qualcosa di visivo in questo senso non sarebbe male (anche nelle foto piccole rigurdanti le sezioni sport, cultura) .

I testi e la relativa grandezza adrebbero rivisti specie nelle finestre in basso (sport cultura ecc) mentre quello del corpo pagina è forse un po' grandicello.
Con un layout del genere non so quanto una sitauazione di fluidità al 100% sia consigliabile, mi manterrei sulla situazione attuale. Certo non è un layout "da portale" in senso stretto ma la scelta di un layout dovrebbe farsi in base ai contenuti che uno dispone: puoi anche farti il laout classico a tre colonne come uno degli esempi da te postati ma se poi hai tre pagine di numero di contenuti eviterei.