Probabilmente le tabelle sono in formato MyIsam, quindi quando vengono cancellati dei dati dalla tabella rimane per così dire dello "sporco".
Praticamente lo spazio occupato precedentemente alla cancellazione rimane tale, ma senza dati.

Quindi ridurre lo spazio in eccesso puoi eseguire il comando "Ottimizza tabelle" direttamente da PHPmyadmin e vedrai che la scritta in eccesso scomparirà.

Per ogni altro dubbio:
http://mysql.org/doc/refman/5.0/en/optimize-table.html