Se hai MySQL 4.0 le InnoDB sono attive di default. Comunque, con phpmyadmin puoi scegliere il tipo di tabella dalla sezione dedicata alla definizione dei campi.

Prima crei il database, poi scegli il nome e il numero di campi della tabella e quando ti si presenta la schermata per indicare le caretteristiche dei singoli campi, scegli il tipo di tabella dal box "Motore di Memorizzazione", si trova in basso, nella stessa pagina.