Dunque, per prima cosa inizia a seguire questo schema per i link condizionali:
  • : verifica se il browser è Internet Explorer, indipendentemente dalla versione.
  • : verifica se il browser è Internet Explorer solo versione 5;
  • : verifica se il browser è Internet Explorer, versione superiore alla 5;
  • : verifica se il browser è Internet Explorer versione 5 o superiore;
  • : verifica se il browser è Internet Explorer versione inferiore alla 6;
  • : verifica se il browser è Internet Explorer versione 6 o inferiore;
  • : verifica se il browser è Internet Explorer versione diversa dalla 5.5.

secondo quanto hai scritto te, con la gte dovrebbe prendere quella formattazione dalla versione 5.5 in poi, quindi anche la 6 e superiore.
Quindi eliminando il link al foglio Altri.css IE6 prende comunque la formattazione di IE.css mentre gli altri ovviamente no.
Ma ovviamente anche IE6 legge Altri.css, la domanda che dovevi porti era: "perché IE5.5 in poi non dovrebbe leggere il foglio di stile Altri.css?"
fcladera ha ragione