Guarda questa funzione serve per cancellare file dal server (ai quali ovviamente hai i permessi per accedere):

es.

Codice PHP:
unlink("pippo.txt"); 
altrimenti per cancellare una directory devi usare rmdir():

Codice PHP:
rmdir("cartella/"); 
Ricordati però che se vuoi cancellare una directory (sotto sistemi Linux o Unix, forse anche windows...) devi prima cancellare tutto quello che è contenuto nella directory, quindi usare una combinazione delle due funzioni.

Spero di esserti stato utile...