Boh, prova una cosa del genere.. forse così ti mostra le prime due volte l'immagine 0... per modificarlo parti con "var primo=false";

<script type="text/javascript" language="JavaScript">
<!--
ejs_banurl = new Array;
ejs_banimageUrl=new Array;

ejs_banimageUrl[0] = "new/imgs/home/aziende/banner_01.gif";
ejs_banurl[0] = "http://www.pradis.com";

ejs_banimageUrl[1] = "new/imgs/home/aziende/banner_02.gif";
ejs_banurl[1] = "http://www.alpeadriacooking.it";

affiche = false;

var primo=true;

function AffichePub()
{
if(!affiche)
{
numimage=0;
document.write ('[img]' + ejs_banimageUrl[numimage] + '[/img]')
affiche = true;
}
else
{
numimage= primo?0:1;
primo=!primo;
document.ejs_banpub.src=ejs_banimageUrl[numimage];
}
setTimeout("AffichePub()",15000);
}

AffichePub();

//-->
</script>