Se devi recuperare l'estensione del file, a prescindere da quante lettere possa contenere (più o meno di 3), puoi memorizzarla in una variabile e poi effettuare i controlli del caso...

Codice PHP:
$url = "http://www.link.com/downloads/nomefile.pdf";

$ext = end(explode('.', $url)); //output: pdf