Grazie per il suggerimento. Ho risolto in questo modo.

for (i=0;i<row;i++)
{ fgets(riga,MAX,f1);
j=0;
token = strtok(riga," "); // leggo all'interno della riga i valori della matrice
while (token != NULL) //strtok separa gli elementi di riga
{
data[i][j]=atof(token); //converto il token in double
j++;
token = strtok(NULL," ");
}