ASSURDO!!!!
Ho trovato, ho provato a modificare parametro per parametro il CSS fino a farlo diventare uguale a quello di un altro layer su cui la trasparenza funziona e ho scoperto il seguente FATTO:
IE ha un errore nella gestione delle trasparenze quando il contenuto del layer si autoridimensiona con le % e non con pixel. Tolto l'atributo width=100% sia dal CSS che dalla tabella HTML il layer è diventato trasparente come chiedevo.
L'atributo width se NON impostato in pixel blocca il filtro alpha. ASSURDO! I programmatori di IE dovrebbero andare a fare un corso da quelli di mozilla.
Queste sono le classiche cose che ti costringono a ripiegare su alternative "scomode".
Se qualcuno desidera può inserire questa discussione nella lista dei BUG di IE per i CSS.
Sempre se li state tracciando!

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