Usa un puntatore e alloca dinamicamente la struttura ... ad esempio per il C

codice:
if(...){
	Square *s;

             s = (struct Square *)malloc(sizeof(struct Square));

	squareA.linked[1] = s;
}
o addirittura

codice:
if(...){
	squareA.linked[1] = (struct Square *)malloc(sizeof(struct Square));
}
Ho omesso il controllo per evitare problemi sull'allocazione della memoria ma lo puoi fare tu ...