Tornando infine alla storia della cappella questa fu completamente "dimenticata" e creduta distrutta finché l'abbate Agostino Taja, allora impegnato a redigere il suo volume sul Palazzo Apostolico Vaticano , la riscoprì nel 1712.
Il rinvenimento venne subito segnalato al papa Clemente XI° e al suo successore Benedetto XIII° che fecero rinfrescare le pitture e aggiunsero
la lapidazione di Santo Stefano dipinta dal Vasari e piazzata sopra l'altare.



Nonostante questi interventi la cappella tornò ancora una volta nell'oblio per venire "riscoperta" per l'ennesima volta da Della Valle che racconta di avervi potuto accedere solamente entrando dalle finestre.
Nel 1800 ci furono due interventi di restauro ma nel 1924 vi fu l'inizio di una nuova ottica nei confronti del monumento, che portò in tempi successivi a ripetuti interventi di restauro, l'ultimo dei quali è quello recentemente realizzato fra l'aprile 1995 e il dicembre 1996.
Ora è un piccolo gioiello da non perdere visitando i Musei Vaticani.