numerazione progressiva

[Lak3d]

così a occhio dovrebbe essere causato dal fatto cheincrementi soltanto in una delle due condizioni.
Prova così:

if($row["selezione_ind"] == "res"){
   $i++;
   $riga ="<tr><td>".$i."</td><td><div id=\"Layer3\"><a href=\"singolo.php?id_ass=$row[id_ass]&tipo=$tipo\">$row[id_ass]</a></div></td><td align=\"left\">".scegli('mor'). "$row[cognome_nome] </td><td width=\"260\" align=\"left\">$row[indirizzo_res]</td><td width=\"232\" align=\"left\">$row[indirizzoresidenza]</td>
<td width=\"232\" align=\"left\"></td>
</tr> ";
   echo "$riga";
}
elseif($row["selezione_ind2"] == "dom"){
   $i++; 
   $riga ="<tr><td>".$i."</td><td><div id=\"Layer3\"><a href=\"singolo.php?id_ass=$row[id_ass]&tipo=$tipo\">$row[id_ass]</a></div></td><td align=\"left\">".scegli('mor'). "$row[cognome_nome] </td><td width=\"260\" align=\"left\">$row[indirizzo_dom]</td><td width=\"232\" align=\"left\">$row[indirizzodomicilio]</td>
<td width=\"232\" align=\"left\"></td>
</tr> ";
   echo "$riga"; 
}