il secondo pc, per come la intendo io dovrebbe essere il web server su cui gira la tua applicazione. Su questo web server io prevederei una pagina (aspx o altro) che si occupi di prendere il file con i dati da aggiornare e li trasferisca sul database di destinazione.

Praticamente su questa pagina metterei le routine di sincronizzazione che intendi usare per tenere il database di destinazione aggiornato.

Farei gestire tutto al pc 1 che si occupa di prendere il file, mandarlo in ftp al web server. Una volta che il web server ha ricevuto il file, lancerei (sempre dall'applicativo che fa l'invio ftp) la pagina cosìcchè, una volta aggiornato il file, questa procedura aggiorni anche il database di destinazione.