Anzitutto devi chiarire cosa intendi TU con la parola CGI.
Sembra che la usi come sinonimo di programma.

CGI piu` che un programma e` un protocollo di interfaccia client-server; per estensione si puo` considerare un CGI come un programma (o script) che si interfaccia direttamente sul Web attraverso il webserver.

Invece dal contesto sembrerebbe che vuoi avere un programma (suppongo in Perl) chiamato da un PHP e che deve ritornare il risultato al PHP.
Se questa interpretazione e` corretta, credo che da un lato devi cambaire il modo incui chiami il programma dal tuo PHP, dall'altro devi valutare se la risposta puo` essere contenuta in una unica variabile o se non sia il caso di usare un file come deposito per passare la risposta al PHP. Pero` devo dire che in questo non sono molto preparato, per cui magari qualcun altro puo` dare una risposta corertta e piu` chiara.