ho fatto un passo in avanti creando questo Javascript:
<script language="javascript" type="text/javascript">
var the_height = document.getElementById('container').height;
var the_height2 = container_pag.height;

//document.write(the_height);
var margin_ottim= the_height-5;
document.write("<style type=\"text/css\"> #footer { margin-top:"+ margin_ottim +"px;}</style>");
</script>
così facendo in home page footer rimane sempre in fondo; ho però lo stesso problema con le pagine interne al sito (che hanno un layout diverso ma l'ordine dei div è lo stesso), cioè se non faccio refresh su ogni pagina IE non lo visualizza correttamente