la partizione che sarà assegnata a root non ti sarà accessibile direttamente a meno che tu non diventi superutente, cioè finchè non acquisisci i diritti di root.
se hai sempre ragionato in termini di windows, pensa la situazione in questo modo: Hai 2 dischi sotto risorse del computer, su C hai windows e i programmi, e su D tutti i tuoi documenti, le impostazioni ecc.., la differenza è che non puoi accedere a C se non sei amministratore, mentre con D ci puoi fare ciò che vuoi.
Non capisco cosa intendi per "harddisk compatibile", in genere tutti i dischi fissi che vanno bene per win, vanno bene anche per linux, se parli invece di filesystem, la partizione di root dovrà avere un determinato filesystem, ext2 mi pare, mentre la partizione /home, se vuoi poterla "vedere" anche quando usi windows, dovresti formattarla FAT32 oppure NTFS.
Per creare le partizioni, kubuntu in fase di installazione rileva lo spazio vuoto nel disco già presente e mi pare che dia la possibilità di creare un partizionamento corretto in maniera automatica. Se però volessi fare a mano, i comandi sono abbastanza semplici (c'è un menu un pò come nell'installazione di xp), e trovi molte guide sulla rete.

@francofait: chiedo scusa, non sapevo dell'esistenza del dvd.