Se metti le dichiarazioni dei fogli di stile di quei blocchi in un css esterno Javascript non le legge.
In questo caso però non credo sarebbe un problema, perché il valore di display verrebbe sovrascritto (== riassegnato) anche se non precedentemente letto da Javascript, comunque provare non costa nulla.

Mettere i blocchi in un file esterno? Se per file esterno intendi un file incluso con inlcude() o require_once() di php, a Javascript non interessa, perché il documento finale compilato dal modulo PHP è un unico documento.
Se intendi un file txt (o altre estensioni) allora lo puoi aprire e leggere con Javascript senza Ajax (tutto in una volta), ma solo se il file da leggere è nello stesso dominio del documento che richiama l'operazione (la cosiddetta norma "della stessa origine"), altrimenti Javascript non lo apre (vedi privilegi UniversalBrowserRead e UniversalBrowserWrite).

Ajax serve per lanciare chiamate asincrone, ovvero chiamate http successive al caricamento del documento, e questo potrebbe essere utile se la mole di tutti i dati da inserire nel target layer è alta e decidi di differire il caricamento dei dati, richiamando volta per volta solo quelli che ti interessano. Chiaramente a tutto questo aggiungi i rischi di usare Ajax, visto che le chiamate http possono essere intercettate, e con Ajax queste chiamate tra un client e il server aumenta rispetto al metodo classico delle pagine statiche.