Mi rispondo da solo.. almeno potrò essere di aiuto a qualcuno con lo stesso problema:
Come molti commenti letti ho scompattato il file JAR nella cartella del progetto ma diversamente da come avevo fatto in precedenza, le cartelle create le ho incluse in una cartella con lo stesso nome del jar (ovviamente senza estensione) e le ho poi incluse come 'class folder'

Dopo questo il file jar da me creato non ha dato più problemi.

Spero che questa piccola pillola possa servire a qualcuno che abbia passato i miei stessi problemi!

SALUTI!