Credo che il js in questione non sia tanto per l'flv ma proprio per l'swf che lo gestisce.
Il js di cui parli è questo http://blog.deconcept.com/swfobject/ che serve ad inserire un swf nella pagina html evitando il fastidioso click di attivazione che succedeva su IE con il metodo classico.
Quindi se il js è proprio quello non ti devi preoccupare nel linkarlo su altri siti.